参加崇拜会的人有多少，
参加祷告会的人也有多少；
敬拜主的人有多少，
事奉主的人也有多少。
——第二个五年计划主题（1984~1988）
从查经祷告聚会开始
祷告会是恩泽堂历史里程碑的一个特色。早在乌节路华语聚会（恩泽堂自立前的名称）成立的时候，祷告的聚会便在各个肢体中以不同的方式，定期或不定期的在举行。经过了一段时间，在陈清福牧师接棒主理牧师一职后，逐渐的就形成了定期的查经祷告聚会，每个礼拜五晚上8时到9时在乌节路聚会的西地下室举行。
1982年正式成立祷告会
到了1980年6月，弟兄姐妹深感要在短短的一个钟头内同时要查经又要祷告，经常都是“时间不够用”。在考虑了其他聚会时间也有查经，礼拜五晚上的查经祷告聚会就改为纯粹祷告的祷告聚会，当时出席的人数约有20到30人。1981年1月，祷告聚会正式命名为祷告团契，参加的人数也逐渐增加，祷告团契也从西地下室搬迁到副堂，继而搬迁到正堂聚会。1982年第三度易名为祷告会，并且设立了祷告委员会负责推动教会的祷告事工。多年来，祷告会推动的包括禁食祷告会、通宵祷告会、新年清晨祷告会、祷告操练营等，祷告会更曾一度被定为第二堂的全教会性聚会。
一年两次联合祷告会
如今在乌节路聚会、武吉巴督聚会和福康宁聚会都有各自的祷告会；长老议会也在2009年通过每年由不同聚会举办两次联合祷告会，以加强恩泽堂的会友在祷告里的合一。